在未来，受异常气候导致的气温骤升影响，地表大部分区域都被水淹没了。世界由大事务协调局进行管理，当局建议由机器人与仿生人承担因气温上升而变得更为艰苦的体力劳动工作。而这里──是某一所『空房』。在这个被人们遗忘的地方，生活着钴伯特、铬洛姆、硅伊、氖恩四个无主仿生人。四人不知自己为何被制造出来，也不知自己为何在这里，只是重复着每一天的生活。──而他们与一位『少年』偶然『相遇』了。这是后来推动人类、仿生人，乃至整个世界的命运的开端。依靠着心中涌现的不知名程序，四人以王者“独立式”统治的巴别塔顶点为目标展开了挑战。
